Posebnost obračuna DDPO pri nepridobitnih organizacijah je v tem, da v davčno osnovo spadajo le pridobitni prihodki in njim pripadajoči odhodki. Zadnje lahko upoštevajo v sorazmernem delu glede na pridobitne prihodke ali pa dejanske pridobitne odhodke, ki so v povezavi s pridobitnimi prihodki. Po ugotovitvi davčne osnove pa izračun do osnove za davek pripravijo po enakih pravilih kot vse druge organizacije.