Nepridobitne organizacije v primerjavi z drugimi obračunavajo davek od dohodkov pravnih oseb nekoliko drugače. Posebnosti se nanašajo predvsem na ugotavljanje prihodkov in odhodkov, ki se vštevajo v davčno osnovo. Vanjo spadajo namreč le pridobitni prihodki in njim pripadajoči odhodki. Te po vrstah določa poseben pravilnik. Nepridobitni prihodki in sorazmerni ali dejanski odhodki se v davčno osnovo ne vštevajo.