Denarna sredstva sistema enotnega zakladniškega računa občine upravlja upravljavec občine. Ta se s svojo matično številko kot del občinske uprave registrira pri Upravi Republike Slovenije za javna plačila. Vodi ločene knjige in sestavi ločeno računovodsko poročilo, ki ga predloži Ajpesu in vključi v prilogo zaključnega računa občinskega proračuna. Pri tem upošteva pravila za neposredne proračunske uporabnike po zakonu, ki ureja javne finance, svojega računovodskega poročila pa ne vključi v računovodsko poročilo občinskega proračuna. Upravljavec enotnega zakladniškega računa občine prav tako predloži ločeno premoženjsko bilanco.