Včasih prejeta subvencija vpliva na ceno dobavljenega blaga in opravljenih storitev. Takrat mora prejemnik ta vpliv izločiti, da dodeljena subvencija ne bi vplivala na proračunske prihodke države. Kadar subvencija vpliva na ceno neposredno, mora zavezanec od nje obračunati DDV. Kadar vpliva na ceno, pa z njo ni neposredno povezana, zavezanec vpliv nevtralizira s prilagoditvijo odbitka DDV. Pri tem ločeno obravnava svojo neobdavčljivo dejavnost. V sklopu obdavčljive dejavnosti lahko subvencijo vključi v izračun odbitnega deleža ali pa v ločeno obravnavo oproščene oziroma obdavčene dejavnosti. Subvencije, ki ne vplivajo na ceno blaga in storitev, zavezanec izvzame iz obravnave z vidika DDV.